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當嬰兒離開子宮，媽媽陰道的微生物便會轉移到嬰兒身上—─這是一項人類之所以能建立世代傳承傳播鏈的天賦。但這種天賦如今也改變了。大約分別有四分之一和三分之一的英美新生兒是剖腹產出生，而且其中有許多孕婦是刻意選擇剖腹產。瑪麗亞．葛羅莉亞－多明格茲－貝羅（Maria Gloria Dominguez-Bello）發現，如果嬰兒是剖腹產出生，他們最先接觸到的微生物便是來自母親的皮膚和醫院環境，而不是媽媽的產道。

雖然目前尚不清楚這樣的差異就長遠看來會有什麼差別，但正如島嶼上的第一批殖民者會影響最終定居的物種一樣，新生兒身上的第一批微生物也可能影響未來的微生物群落。這或許解釋了為何剖腹產嬰兒在往後的人生中更容易罹患過敏、氣喘、乳糜瀉和肥胖。「新生兒的免疫系統就像一個天真無邪的孩子，無論它看到什麼，都會開始學習，」多明格茲－貝羅說。「若一開始就遇到壞人而不是正常的好人，他們的免疫系統可能會因此出現漏洞。這可能讓他們的一生從此不同。」

瓶餵嬰兒可能讓這些問題惡化。如我們前面所見，母乳能打造寶寶體內的生態系。它為嬰兒的腸道提供了更多微生物居民和人乳寡糖（也就是母乳中用來餵養微生物的糖，用來滋養像嬰兒比菲德氏菌等的共同適應伙伴）。這樣的本事或許可以抵銷剖腹產在一開始所造成的任何差異，但是，「若你選擇剖腹產加上瓶餵，我敢說你的寶寶會走在一條不同的軌跡上。」乳汁專家大衛．米爾斯說。

像嬰兒比菲德氏菌這種被母乳滋養的殖民者，也可能處於危險之中。大衛．米爾斯的團隊最近注意到，出生在孟加拉或甘比亞等開發中國家的嬰兒，有百分之六十到百分之九十擁有嬰兒比菲德氏菌；而在愛爾蘭、瑞典、義大利和美國等已開發國家，卻只剩百分之三十到四十。這個差異並不是改以瓶餵造成的，因為團隊的研究數據幾乎都是來自親餵的嬰兒。剖腹產也無法解釋這種差異，因為大部分的孟加拉寶寶—最有可能帶有嬰兒比菲德氏菌的新生兒—都是剖腹產出生的。雖然沒有可靠的解釋，米爾斯卻提出一個推測。他注意到嬰兒比菲德氏菌似乎會在成年時從腸道消失，這意味著這種微生物無法由母親傳給子女。在大部分的人類歷史中這並不是問題，因為女性之間會幫忙養育和照顧嬰兒。「小孩子隨時都被照顧著，孩子會與媽媽們相互傳遞嬰兒比菲德氏菌。」米爾斯說。但隨著育兒方式愈來愈獨立，傳遞的途徑也因此中斷。或許這就是微生物開始從西方人之間消失的原因，即使是親餵母乳的嬰兒也一樣。若微生物根本不存在，母乳當然無法滋養它。無論這個推測是否正確，嬰兒比菲德氏菌無疑正瀕臨滅絕。

這項研究強調了一項重要的原則：只有在廣泛研究各地人群後，我們才能瞭解已開發國家是否真的缺乏重要的微生物。目前為止，大多數與微生物群落有關的研究主要來自「奇怪」（WEIRD）國家的人們，也就是那些西方（Western）、受過教育（Educated）、工業化（industrialized）、富裕（Rich）和民主（Democratic）的國家。然而，這些國家的人口僅占全球的八分之一。如果將研究限縮在這群人身上，就像試圖瞭解城市的運作方式，卻只研究倫敦或紐約，而忽略孟買、墨西哥市、聖保羅和開羅一樣。微生物學家們意識到這個問題，因此現在有些研究也包括布吉納法索、馬拉威和孟加拉農村居民的微生物群落。而其他的科學家則與過著狩獵採集生活的人合作進行研究，包括委內瑞拉的亞諾馬米人（Yanomami）、秘魯的馬特塞斯人（Matses）、坦尚尼亞的哈扎人（Hadza）、中非共和國的巴卡人（Baka）、巴布亞新幾內亞的艾薩羅人（Asaro）和索西人（Sausi），以及喀麥隆的俾格米人（Pygmies）。這些種族仍舊維持著傳統的生活形態，以採集與狩獵維生。他們極少接觸現代醫學。他們仍舊是住在現代，且擁有現代微生物的現代人，但他們至少能告訴我們，當沒有工業化的干擾時，微生物群落會是什麼模樣。